一、办学指导思想
紧紧围绕医学应用型人才的培养目标，坚持“面向基层、突出能力、强化人文”的办学理念，积极推进教学改革，狠抓学科科研和师资队伍建设，大力改善科研实验条件，不断提高应用型医学人才培养质量，进一步提升服务社会能力，努力使学院的综合办学实力位居省内同类医学院校前列。
　　二、学科和专业定位
坚持以基础医学学科为重点，基础医学与临床医学和其他学科融合发展，积极争取临床医学专业硕士和护理学专业硕士，较大幅度提升学院的学科和科研水平。
　　构建以临床医学为龙头、护理学为重点、医学影像为特色，康复治疗学、医学检验和法医学协调发展的专业体系。
　　三、主要发展指标
学生规模：全日制在校生规模达到2000名，占全校学生总数（含元培学院）的12%。积极发展研究生和留学生教育。
　　师资建设：引进培养教授博士20名，高级职称达70%，博士达35%，海外进修3个月以上教师超过30%。
　　教学科研：临床医学成为省级重点学科和优势专业，成功申办医学影像学和法医学新专业；收获国家级、省部级课题30项（其中国家级10项），一级以上期刊论文80篇，省级教学科研获奖4项，科研到账经费超过1000万元。
　　社会服务：成人教育年总收入保持800万元；司法鉴定中心加强与司法部司法鉴定科学技术研究所的合作，年案鉴量达到10000件，社会服务年收入超过1000万元，努力成为浙东地区有影响的司法鉴定中心。
　　四、主要举措
1.深化教育教学改革。加强医学教育教学改革的顶层设计，制定《医学院关于加强医学教育教学改革的实施意见》；积极推进PBL、CBL、TBL等教学方法改革，提高课堂教学质量；加强大学生科研创新实验室建设，加强对学生科研创新能力的培养。加大对临床技能中心建设，充分发挥多站式考试中心功能，不断完善OSCE，加强标准化病人（SP）培训，注重学生临床思维能力和临床实践能力的培养。
　　2.狠抓师资队伍建设。坚持“外引内养”，制定《医学院关于加强师资队伍建设实施意见》。引进和培养高水平学科带头人3-5人，培养20位左右优秀科研骨干；每年派出8名左右教师赴海外和国内知名高校访学进修；凝炼学科方向，强化学科团队建设，建设 1-2个在校内有影响力的学科团队。加强附属医院临床师资队伍建设，提高教学水平和科研水平。
　　3.加强科研和学科建设。进一步完善《医学院院内创收分配办法》，推动学院可持续发展；制定《医学院教师科研提升和振兴实施计划》，鼓励教师积极申报高层次项目，发挥高级职称和青年博士的示范作用。加强医学科研实验平台建设，实行PI制，提高实验中心的使用率和有效率。加强共享共用的科研平台建设，力争SPF级实验动物房立项建设。积极推进联合培养研究生工作，争取临床医学专业硕士和护理学专业硕士申报成功。
　　4.推进校际交流和教育国际化。积极开拓国内医学院校之间的校际交流，拓展学生的发展空间。积极推进护理学专业和康复治疗学专业的国际化办学。加强师资培训，强化外语教学，培养具有良好人文素养和国际视野的高级护理人才和康复治疗专门人才。
　　5.进一步加强社会服务工作。创新机制，激发活力，加强联合办学，保持医学成人教育稳步发展。加强与司法部司法鉴定科学技术研究所合作，提升鉴定的科学化水平，扩大社会影响力；加强司法鉴定实验室建设，争取成为浙江省司法鉴定公共实验平台，为申报“2011协同创新中心”奠定基础；通过国家级认证认可复评审，实现持续改进；加强司法鉴定科学研究，实现可持续发展。
　　6.完善“校院一体化”运行机制。加强与附属医院、附属第一医院和附属第二医院的紧密型联系，把临床师资队伍纳入学校师资队伍建设规划，完善师资培训和职称晋升办法，规范教学管理，切实提高临床教育质量。创新机制，努力争取一家三级甲等的直属附属医院。