学校把学科作为按照学术体系建立的、实体性的、相对稳定的高校基层学术组织，把本科专业看作是面向问题的、由课程组成的、需求驱动的虚拟组织，遵循“学科为体、专业为用”的理念，形成了地方本科高校应用型人才培养过程中学术资源的配置架构和运行机制，实现了地方本科高校应用型人才培养的动态性、多样性、复合性。
　　一、建立实体性的学科，为多样化、复合性应用型人才培养奠定了充分的学术支持和组织保障
学校自2009年开始把全校的所有本科课程按照其学术领域而不是按照其所对应的专业划归相应的学科组织，实现了本科专业的非实体化和学科的实体化。在全校建立了45个学科组织，千余名教师根据各自学术领域分别归属一个学科组织，从而形成了多个学科支撑一个专业、一个学科支撑多个专业的资源配置架构，切割了特定专业与特定教师团队的利益关联。保证了教师的教学与科研在学术领域上的一致性，保证了学科资源对本科教学的支撑，提高了本科教学的质量。
　　二、基于专业与课程的两个开放，打通多样化、复合性应用型人才培养的基本路径
（一）在建立实体性学科组织的基础上，建立专业的形成与开放机制
课程建设的责任落实在学科组织，承担教学工作是学科组织的第一要务，每个学科组织只能开设属于自己学术领域的课程，全校所有专业所需要的课程都由相关学科组织分别提供，由此确立了学科提供课程、课程组合专业的专业设置与运行机制。学校同时在若干相近专业中建立专业建设委员会，以协调相关学科参加专业的建设和管理。这种专业构建机制可以依托有限的学科组织开设品种繁多的专业或专业方向，满足社会人才需求的多样性。
　　（二）贯彻课程资源开放原则，重构模块化课程体系
专业的去实体化为课程的开放共享创造了条件。充分运用模块化技术，把全校所有专业的课程体系分成公共必修模块、专业平台模块、专业分流模块、选修模块等四个标准模块。通过不同模块之间的灵活组装，能够充分满足社会对于多样化、复合性应用型人才的需求，为学生提供了更多的学习选择。同时也保持模块的相对稳定，有利于提高课程质量，控制办学成本。
　　三、办学机制进一步优化，人才培养质量明显提高
（一）促进了专业的调整和优化
在多个学科支撑一个专业、一个学科支撑多个专业的网络关系架构下，避免了在专业的停止招生和减少招生过程中对相应教师群体利益产生根本性的影响；在新专业的建设中充分利用了学校已有的学术资源，避免了学术资源的重复配置。2011年以来，学校新增设了与地方需求相适应的国际商务、电气工程及其自动化、高分子材料与工程等10个专业。专业结构的调整和优化吸引了更多的优质生源。在省内普通文理科第二批本科招生中，文科投档分名次号由2010年的7004名，上升到了2016年的3564名，提升了3440名；理科投档分名次号由2010年的22505名，上升到了2016年的18547名，提升了3958名。
　　（二）促进了多样化、复合性应用型人才培养
2015年学校推出了6个辅修专业模块、34个专业纵向拓展模块和30个跨专业的横向拓展模块，共有2872名，占94.7%的2014级学生选修了这些模块，其中67.06%是跨学科的选修。2016年，学校共开设171个模块，其中辅修模块17个，纵向拓展模块83个，横向拓展模块71个，实际开出70个模块，共有3100名2015级学生修读，其中54%是跨学科的选修。通过以模块化方式对选修课进行系统性的整合，提高了这些课程育人的针对性，也提高了学生的学习效率。选修课不再随意、不再任性，避免了以往学生和教师都不重视选修课的现象。
　　（三）提高了人才培养与社会需求的契合度
积极探索开放的专业运行机制和课程共享机制的建立，不断提高了资源利用效率，低成本地创造出了更多的专业（或专业方向）以及课程种类，为产教融合、合作育人等机制搭建了平台，建立了通道。目前，学校正借助于这些平台，探索产教融合、校政企协同育人新机制。其具体形式主要有以下三种：
　　一是通过搭建辅修平台，开展产教融合：学校机械与电气工程学院与明峰医疗系统股份有限公司合作开设“智能制造—医疗设备智能化”辅修模块，与浙江国祥机器人科技有限公司合作开设“智能制造与机器人应用”辅修模块；与绍兴银行合作开设“绍兴银行创新班”，通过“普通专业+银行模块”的培养形式，为应届毕业生提供银行知识学习课程，实践机会和就业岗位。
　　二是通过搭建纵向拓展模块，开展产教融合：学校与绍兴凯思沃德软件科技有限公司合作开设“KingSword创客空间”专业拓展模块，培养物联网、地理信息系统、多媒体、手机移动开发、大数据分析等方面的软件工程师；纺织服装学院与杭州宏华数码科技股份有限公司等联合办学，开设了“创意印染技术”模块，与浙江现代纺织工业研究院等合作开设“创意纺织品设计”模块，与浙江佳宝新纤维集团有限公司等企业合作开设“高新纤维设计及应用”模块，合作培养纺织品创新设计人才和新型高技术纤维产品方面的人才。
　　三是通过搭建横向拓展模块，开展产教融合：经济与管理学院与阿里巴巴、费舍尔物流（杭州）有限公司、杭州聚势企业管理有限公司、绍兴聚势电子商务有限公司等企业合作开设“跨境电子商务”模块，合作培养跨境电子商务人才；体育学院与绍兴市体育中心与绍兴市体育中心合作开设“体育经济与管理”模块，合作培养“体育经济与管理”人才，与上海巅峰体育管理有限公司合作开设“Mesize科学健身”模块，合作培养“健身科学”人才。
　　学校开展的此项工作在国内外学术界产生了较大影响，并引起了教育行政部门、地方高校和新闻媒体的广泛关注，《光明日报》 《中国教育报》 《教育部简报》 《教育体制改革简报》等先后8次报道了相关内容。相关成果得到了1项国家社科基金（教育学）课题和1项教育部人文社科课题的支持，在《教育研究》《高等教育研究》 《高等工程教育研究》 《中国高教研究》等学术期刊发表论文9篇，由高等教育出版社出版专著1本。2012年4月，浙江省教育厅刘希平厅长专门批示要求深入研究这项改革；教育部政策法规司刘自成副司长、中国高教学会陈浩副会长先后于2012年7月、12月来校专题调研，给予充分肯定；2016年3月20日，中国高教学会瞿振元会长专程来校考察，对该项成果予以高度评价。